随着“格物司”架构的调整和职责的明确，新设立的“医工署”在芸娘这位年轻聪慧的女署令带领下，迅速展现出了其独特的价值。
芸娘出身医家，本就对岐黄之术有深厚的基础，再加上从清玄那里学到的“格物辨析”之法（基础化学和生物知识），以及更加精良的器械（如玻璃器皿、改良的蒸馏装置、甚至粗糙的显微镜雏形）辅助，让她在药物研究和医疗实践上，很快就取得了一些令人瞩目的进展。
青蒿疗效的初步验证：在清玄的持续“点拨”下，芸娘和她的团队对青蒿的炮制方法进行了大量试验，虽然未能真正分离出青蒿素，但发现用低温、避光的方式处理青蒿，并配合特定的煎煮方法，确实能提高其退热、缓解疟疾症状的效果。
她们将改良后的“青蒿汤剂”方子连同详细的用法说明，再次送往南疆军营，据前线反馈，对于防治“瘴疠”（疟疾）起到了比之前更好的作用，大大降低了士卒的发病率和死亡率。
这使得“医工署”和芸娘的名声在军中迅速鹊起。
消毒观念的推广：芸娘牢记清玄强调的“洁净防疫”理念，大力推广酒精消毒（“太阳真火精粹”）和器械煮沸消毒（“沸水涤秽”）的方法。
她亲自编写了《军中医护卫生简则》，要求军医在处理伤口、进行简单手术（如清创缝合）时，必须严格遵守消毒规程。
初期虽然也遇到了不少阻力（很多军医不习惯这些“繁琐”的程序），但在几例因为严格消毒而成功避免感染、挽救了重伤员生命的案例出现后，这种观念开始逐渐被接受。
伤口感染率的降低，是实实在在的成果。
基础药物的改良与开发：芸娘还利用“格物”手段，对一些常用的中草药进行了初步的成分分析和提纯尝试（比如利用蒸馏法提取某些植物的挥发油，或者利用溶解度差异分离某些成分）。
虽然技术还很原始，但己经能制备出一些药效更稳定、副作用更小的改良药剂，比如更有效的止血散、消炎膏等。
她甚至开始尝试建立一个系统的药材标本库和药性数据库（记录在纸张上），为未来的药物研发奠定基础。
简易医疗器械的研制：在清玄的启发和公输墨的协助下，“医工署”还尝试制作了一些简易的医疗器械，如能放大声音的“听诊竹管”（听诊器雏形）、更精细的外科手术刀具（用改良钢铁制作）、以及能用于清洗伤口的玻璃注射器（当然，针头还是个大难题，暂时用细竹管代替）。
这些小小的改进，都在一定程度上提升了诊疗的效率和准确性。
“医工署”的这些成果，虽然不像神臂弩那样震撼人心，不像水泥那样能带来宏伟的工程，但却与每个人的健康息息相关，尤其是对于常年征战、伤病频发的秦军士卒而言，其意义非凡。
芸娘这位年轻的女署令，也凭借其出色的能力和务实的作风，赢得了军方和朝廷的广泛赞誉，成为了“格物”体系中一颗冉冉升起的新星。
清玄对此感到十分欣慰。
芸娘的成功，不仅证明了“格物学”在医疗领域的巨大潜力，也验证了他“权力下放，培养人才”策略的正确性。
更重要的是，一个能切实改善士兵健康、降低伤亡的“医工署”，对于巩固他在军方的影响力，以及提升“格物学”的整体形象，都大有裨益。
然而，就在清玄为“医工署”的进展感到高兴之时，一个来自宫廷深处的消息，却让他再次皱起了眉头。
始皇帝的身体状况，虽然在清玄的“生气疗法”和芸娘改良的“养生药膳”（芸娘根据清玄的理论，结合中医食疗，为皇帝制定了更精细的饮食调理方案）的精心照料下，维持了一段相对稳定的时期。
但毕竟年事己高，早年损耗太大，根本的衰老无法逆转。
近来，始皇帝的精神状态又开始出现反复，尤其是对“长生”的执念，似乎又有了复燃的迹象。
这一次，他没有再首接逼问清玄，而是采取了一种更“曲线救国”的方式——他开始对“炼丹术”本身，产生了新的“兴趣”！
他召见了清玄，但并非询问长生，而是饶有兴致地问起了“炼丹”过程中的各种“奇妙变化”。
“清玄啊。”
始皇帝躺在榻上，语气似乎很平和。
“朕听闻，古之炼丹士，常于丹炉之中，见五彩霞光，闻奇异香气，甚至能将凡铁、顽石，炼化为金银、美玉？此等变化，当真玄妙。你于‘格物’之道如此精通，可知其中奥秘？”
清玄心中一凛。
始皇帝这是……想从“炼丹过程”入手，迂回地探索“点石成金”乃至“长生不老”的可能性？
这是不死心啊！
他知道，绝不能顺着这个话题往下说，否则很容易再次陷入“长生”的陷阱。
但也不能完全否定，那样会显得自己“无知”，或者……有所隐瞒？
他沉思片刻，决定再次祭出他的“科学（玄学）解释大法”。
“回陛下。”
清玄躬身道。
“所谓‘炼丹’，其本源亦不出‘格物’之理。丹炉之中，水火交攻，阴阳激荡，金石草木受高温、高压（虽然古代丹炉很难做到高压）作用，其‘性状’自然会发生诸多奇妙变化。此非鬼神之力，乃物质本身之衍化也。”
他开始有选择地，用“格物学”的原理，来解释一些古代炼丹术中可能出现的现象：
五彩霞光/烟雾：“某些矿石（如含硫、磷、汞等元素的矿石）受热分解，或相互反应，会产生有色之‘气’（指有色气体或烟尘），在光线照射下，便呈现五彩之状。此乃‘气化流光’，非仙气也。”
奇异香气：“某些草木、香料（如松香、檀香等）受热挥发，或发生复杂之‘化合’（化学反应），产生特殊气味。此乃‘物性之变’，非异香也。”
“点石成金”：“陛下可知，黄金之所以贵重，在于其‘性稳不朽’（化学性质稳定）。而铅、锡、汞等金属，其色或白或黄，与金银相似，然其性活泼易变（化学性质不稳定）。古之方士，或以冶炼、置换之法（比如湿法炼铜过程中铁置换铜离子，铜析出覆盖在铁表面），使贱金属表面呈现金银之色，便妄称为‘点石成金’。此乃障眼之法，非真金也。真金，乃天地生成，非人力所能妄造。”
他巧妙地用化学原理否定了炼金术，同时强调了黄金的“高贵”在于其稳定性。
“炼化美玉”：“至于美玉，乃天然之石精。然则，某些普通石材（如石英砂、长石等），若经高温熔融，再辅以不同之‘药石’（金属氧化物等着色剂），则可凝结成类似美玉之‘琉璃’。此便是‘格物司’如今正在精进之‘琉璃镜’制造之法，乃‘火炼石性’之功，非真玉也。”他顺便又吹了一波玻璃技术。
他这一番解释，旁征博引（当然很多是他编的或者歪解的），将那些在古人看来神乎其神的炼丹现象，都用一套听起来很“科学”（虽然用了玄学词语）的“格物道论”进行了解构。
核心思想就是：这些变化都是物质本身的自然反应，是有规律可循的，并非什么神秘的仙法，更不可能炼出长生不老药。
始皇帝听得似懂非懂，眉头时而舒展，时而紧锁。
清玄的解释似乎很有道理，也符合他之前被方士欺骗的经验。
但是……难道长生就真的……毫无希望了吗？
他看着眼前这个总能创造奇迹的年轻人，心中充满了不甘。
“如此说来……”
始皇帝声音有些低沉。
“那炼丹之术，便全然无用？皆是骗人之术？”
“亦非全然无用。”
清玄立刻抓住了这个机会，将话题引向自己想要的方向。
“陛下，炼丹之术，虽不能长生，然其摸索金石草木性情之过程，其掌控水火、提纯物质之技艺，却蕴含着‘格物致知’之真谛！若能去其虚妄，取其精华，将此等技艺用于正途，则……或可炼制出真正能治病救人、强身健体之良药！亦可提炼出各种有用之材，以利军国！这，才是‘炼丹术’真正的价值所在！”
他这是在试图将始皇帝对“炼丹”的兴趣，引导到“化学”和“材料学”的“正途”上来！
始皇帝听完，眼中闪过一丝光芒。
治病救人之良药？
有用之材？
这似乎……比虚无缥缈的长生更实在一些？
“你的意思是……”
清玄趁热打铁：“臣恳请陛下恩准，在‘格物司’或学府之内，设立专门的‘丹鼎格物所’。汇集精通炼丹（化学实验）、医药（植物化学）、陶瓷（高温烧制）之人才，不再追求那虚妄之仙丹，而是专注于研究物质变化之规律，提炼药物精华，开发新型材料！臣相信，假以时日，定能炼制出比‘青蒿汤剂’更有效之药物，比‘改良钢铁’更坚韧之合金，比‘琉璃镜’更神奇之器物！此虽非长生，然亦可……最大限度地助陛下固本培元，颐养天年，并使我大秦更加强盛！”
这番话，既回应了始皇帝对“炼丹”的好奇，又将其引导到了“科技研发”的轨道上，还画了一个“治病强国”的大饼，可谓一举多得！
始皇帝沉思良久，最终缓缓点了点头：“……好。就依你所言。朕，等着看你的‘丹鼎格物所’，能炼出什么真正的‘宝贝’来。”
清玄心中一块大石落地。
又一次，他用“格物”的魅力，暂时压制住了“长生”的诱惑。
然而，他也知道，这或许只是暴风雨前的短暂平静。
始皇帝对生死的执念，如同潜伏的巨兽，随时可能再次苏醒。
而他，必须在这有限的时间里，尽快拿出更耀眼的成果，才能在这场与时间、与人性的博弈中，占据主动。
“丹鼎格物所”的建立，或许将为他打开一扇新的大门，但也可能……将他引入一个更加未知和危险的领域。
